Se falamos da origem de Isla Cristina temos que nos remontar ao Século XVIII, uma época que em termos históricos é bem recente, mas nem por isso deixa de ser importante. A origem de Isla Cristina começa quando os pescadores levantinos e catalães chegam aqui para trabalhar na pesca, na salgação do atum e sardinhas.

A extração de sal do peixe foi a origem da atual exploração pesqueira da zona, hoje em dia continua sendo parte importante da economia de Isla Cristina. O terremoto de Lisboa de 1755 também deixou sua seqüela nesta localidade, uma vez que modificou o entorno, e a localização da atual Isla Cristina, antiga Real Isla de la Higuerita, nome com o qual era conhecida antigamente.

Em 1834 a Real Isla de Higuerita deixa sua denominação para se chamar Isla Cristina, como agradecimento pela ajuda prestada pela Rainha Maria Cristina durante uma epidemia de cólera.

Outros acontecimentos importantes, ao lado da fundação de Isla Cristina foram por exemplo o terremoto de Huelva de 1969, ou a construção de alguns de seus monumentos mais importantes, como por exemplo a Igreja de Nossa Senhora das Dores.